华雨微生物腐熟剂是在微生态学理论的指导下，调整生态失调，保持微生态平衡，提高宿主（人、动物、植物）健康水平或增进健康状态的生理性活菌制品，及其代谢产物以及这些生理菌群生长繁殖的物质制品。目前大致分为3个类型“益生菌”、“益生元”和“合生素”。

华雨微生物腐熟剂与其它不同，从理论上讲，它优于，克服了应用所造成的菌群失调、耐药菌株的增加以及的毒副反应，它能起到“已病辅治”、“未病防病”、“无病”的重要作用。

A、生态平衡理论：人体、动物、植物体表及体内寄居着大量的正常微生物群，这些微生物菌群和外环境构成一个微生态系统，在正常条件下，这个系统处于动态平衡状态，一但平衡遭到破坏即生态和菌群遭受失调，引起一系列的双重感染和降低，只能恢复正常的微生态平衡才能达到防病、治病的目的。（举例说明水环境的自净能力）。

B、生物屏障理论：生物屏障又称生物拮抗理论，肠道内正常菌群直接参与机体生物防御的屏障结构。有化学屏障和生物屏障。

特别是生物屏障，主要菌群的代谢产物，例如：乙酸乳可阻止或杀灭病原菌微生物在体内的定植。举例：拮抗现象与8701药敏试验。

C、生物夺氧理论：根据正常的微生物菌群的自然定植规律，人和动物出生是无菌的，出生后不久就被一系列微生物定植了，定植顺序先是需氧菌，后兼性，随后的是。

D、三流循环学说：三流循环主要是能量流，物质流及基因流的循环。

能量流：即能量运转，正常微生物菌群的内部与其宿主保持着能量交换和运转的关系。现已发现人和动物肠上皮细胞的微绒毛与正常细胞壁上的菌毛极为贴近，并发现有物质交换现象发生。

物质流：即物质交换，降解与合成是微生物代谢中的必然途径，微生物菌群与宿主细胞同降解和合成代谢进行着物质交换，宿主裂解细胞与细胞外酶可为微生物利用，而微生物产生的酶、维生素、刺以及细胞降解成份也可为宿主细胞利用。

基因流：基因交换，在正常微生物之间有着广泛的基因（DNA）交换，微生态制剂可以作为非特异性免疫调节因子，机体吞噬细胞的吞噬能力和B淋巴细胞产生抗体的能力。微生态系统中的能量流、物质流和基因流正常运转。